药师如来在过去世行菩萨道时，曾发十二大愿（又称十二上愿），略如下列︰
(1)愿我来世得菩提时，自身光明炽然，照耀无量世界，以三十二相、八十种好庄严，令一切众生如我无异。
(2)愿身如琉璃，内外清净无瑕垢，光明过日月，令于昏暗中之人能知方所，随意所趣，作诸事业。
(3)以智慧方便众生，令众生受用无尽。
(4)令行异道者，安立于菩萨道中，行二乘道者，以大乘安立之。
(5)令于我法中修行梵行者，一切皆得不缺减戒。
(6)令诸根不具之聋盲跛躄白癞颠狂，乃至种种身病者，闻我名号皆得诸根具足、身分成满。
(7)令诸患逼切无护无依，远离一切资生医药者，闻我名号，众患悉除。
(8)若女人愿舍女形者，闻我名号，得转丈夫相，乃至究竟无上菩提。
(9)令一切众生解脱魔网，安立于正见。
(10)令为王法系缚，无量灾难煎迫者，皆得解脱一切苦恼。
(11)令饥火烧身，为求食故作诸恶业者，先得妙色香味饱身，后以法味毕竟安乐。
(12)贫无衣服者，我当施以所用衣服，乃至庄严具。 | 
